El Consejo de la Fundación es el órgano superior de la FUDENA y sus objetivos son:
> Velar por el correcto cumplimiento de la Misión de la Fundación.
> Considerar, aprobar o improbar el Balance General, los Estados Financieros y la Memoria y Cuenta de la gestión del ejercicio.
> Orientar al Consejo Directivo sobre el Plan de Acción del ejercicio económico siguiente y el Presupuesto de la Fundación.
> Elegir, reelegir o destituir a los miembros del Consejo Directivo.
> Realizar las modificaciones del Acta Constitutiva-Estatutos.

Esta integrado por Miembros Permanentes y Miembros Rotativos. Los Miembros Permanentes del Consejo de la Fundación son los Miembros Eméritos de la Institución y los ex presidentes del Consejo Directivo. Los Miembros Rotativos del Consejo de la Fundación son los Ex directores del Consejo Directivo. Se reúne al menos una vez al año, y todas sus decisiones son tomadas por el voto simple de la mayoría de los miembros presentes.

El Consejo Directivo es el órgano que bajo la orientación del Consejo de la Fundación:
> Vela por la correcta implementación de la misión de la Fundación.
> Tiene las más amplia facultad de conservación, administración y disposición del patrimonio de la Fundación.
> Presenta para consideración del Consejo de la Fundación en la reunión anual, el Balance General, los Estados Financieros y la Memoria y Cuenta del ejercicio.
> Establece los lineamientos para la proyección de la imagen institucional y vela por su adecuada instrumentación.
> Es responsable de supervisar los programas y servicios prestados y participará activamente en la recaudación de fondos para la Fundación.
> Dicta y puede modificar el Reglamento Interno de la Fundación.
> Establece, dentro del Reglamento Interno, los lineamientos para las asociaciones estratégicas y autoriza asociaciones y relaciones con otras instituciones.
> Aprueba las estrategias, el Plan de Acción, los programas y el presupuesto del ejercicio siguiente, los cuales serán presentados al Consejo de la
> Autoriza la instalación de nuevas sedes.
> Postula al Consejo de la Fundación los candidatos a miembros Eméritos.
> Postula al Consejo de la Fundación los candidatos por el Consejo Directivo.
> Elige o destituye al Director Ejecutivo y define sus atribuciones y deberes en el Reglamento Interno.

Entre 7 y 11 miembros integran el Consejo Directivo de FUDENA, los mismos son designados en su propio seno y ocupan cargos relativos a: Presidente, Vicepresidente, Tesorero, Secretario y Directores del Consejo. El Presidente del Consejo Directivo es el representante legal de la Fundación y el que puede, previa autorización del Consejo Directivo, constituir apoderados en defensa de los intereses de la Fundación y otorgar documentos públicos o privados para dichos fines.

El Director Ejecutivo es la persona designada por el Consejo Directivo para:
> Dirigir la gestión diaria de la Fundación.
> Hacer cumplir la Misión y el Reglamento Interno que rigen a la Fundación.
> Ser responsable de planificar, controlar, gerenciar y velar por la correcta implementación de los programas, actividades, presupuesto, la administración del recurso humano y los bienes muebles e inmuebles de la Fundación.
> Participar y promover las actividades de recaudación de fondos para la Fundación.
> Presentar y mantener informado al Presidente del Consejo Directivo sobre temas inherentes a sus funciones y todo aquello que sea necesario para la correcta ejecución de sus funciones.

FUDENA cuenta con staff multidisciplinario de 20 profesionales en el ámbito nacional en carreras tan variadas como Biología, Ecología, Ingeniería en Recursos Naturales, Ingeniería Agrónoma, Derecho, Comunicación Social, Mercadeo, Oceanografía, Educación, Turismo, entre otras. Todo ello con el fin de cubrir sus cinco Áreas Programáticas que comprenden:
> Investigación y Manejo
> Fortalecimiento Institucional
> Comunicación e Información
> Educación Ambiental y Participación Ciudadana
> Legislación y Políticas